En blodpropp med ursprung i hjärtat orsakas ofta av förmaksflimmer, en av de vanligaste hjärtrytmrubbningarna. Förmaksflimmer orsakar ofta hjärtklappningar och andnöd, men kan också vara helt symtomfritt. Förmaksflimmer kan vara kontinuerliga eller komma som attacker, med en normal hjärtfilm mellan attackerna. När hjärtat slår oregelbundet kan det bildas blodkoagel i hjärtat som, när det lossnar, transporteras till hjärnan.
Hjärnemboli med ursprung i hjärtat kan också orsakas av en konstgjord klaff i hjärtat, en nyligen inträffad eller tidigare hjärtinfarkt, dilaterad kardiomyopati och PFO, det vill säga ett ovalt hål i hjärtat.
Hjärnembolier med ursprung i hjärtat kan effektivt förebyggas med blodförtunnande läkemedel.