Det viktigaste målet för behandlingen av MS är att bibehålla en funktionsförmåga som motsvarar patientens ålder så bra och i en så stor omfattning som möjligt. Eftersom patienterna som får MS är vanligtvis unga är målet för behandlingen förutom självständighet och en bra fysisk funktionsförmåga att bibehålla studie- och arbetsförmåga. De medicinska delmålen är att förhindra skoven och släckning av de inflammatoriska förändringarna som syns i magnetavbildningen.
De bästa behandlingsresultaten nås när den lämpligaste läkemedelsbehandlingen för MS inleds kort efter att diagnosen säkerställs och när man dessutom tar hand om sin egen kropp genom att ha sunda levnadsvanor. I sjukdomen ingår olika undertyper och den vanligaste är den skovvis förlöpande typen (RRMS). Det är svårt för läkaren att ge direkt i början av sjukdomen en mycket exakt prognos om hur patientens sjukdom påverkar under de följande åren eller årtiondena. Vid RRMS försöker man dock nuförtiden utvärdera om det är en aktiv sjukdom eller en mycket aktiv skovvis förlöpande sjukdomsform.
I en mycket aktiv sjukdom förekommer en större risk för skov och försämrad funktionsförmåga vilket påverkar valet av läkemedel mot MS. Klassificeringen mellan aktiv och mycket aktiv RRMS grundar sig på utvärderingen av både skoven och förändringarna i magnetavbildningen. Genom kartläggningen av symtombilden utreder man hur många skov det har förekommit under en viss tidsperiod och vilka typer av symtom som varit förknippade med skovet. I magnetavbildningarna undersöks graden för inflammationsaktivitet, antalet MS-förändringar och deras placering.