Hjärninfarkten kallas kryptogen om man inte hittar orsaken till den trots noggranna undersökningar. Cirka 20–25 procent av hjärninfarkterna är kryptogena. Även om förekomsten av hjärninfarkter är lägre hos unga människor, är händelsen oftare oförklarlig hos dem (ungefär en tredjedel).
Majoriteten av de kryptogena hjärninfarkterna har kännetecken som överensstämmer med hjärnemboli med ursprung i hjärtat. Detta beror ofta på förmaksflimmer som kommer som attacker och som kanske inte upptäcks förrän flera år efter hjärninfarkten.