I vissa fall, om sjukdomen är aktivt progressiv eller om andra läkemedel av någon anledning inte är lämpliga, kan cytostatika såsom azatioprin som tas oralt eller mitoxantron som administreras intravenöst övervägas. Båda har visat sig vara effektiva vid progressiv MS. Båda innebär uppföljning med blodprov och, när det gäller mitoxantron, uppföljning av hjärtats funktion.