Sjukdomen kan orsakas av antingen ett virus eller en bakterie. Det finns ingen medicinering mot virusinfektioner, men symtomen kan lindras med en kall eller varm dryck samt febernedsättande läkemedel och smärtmedicinering. För äldre barn kan halsont lindras med hjälp av sugtabletter som fås på apoteket. Om barnet vägrar äta eller dricka på grund av smärtan kan det förutom halsont bero på en muninflammation.
Bakterieinfektioner orsakas av streptokockbakterier, vilket bekräftas genom en svalgodling från halsen som tas med en bomullspinne eller en snabb svabb från svalget. Bakteriell halsfluss behandlas med antibiotika. Sjukdomen smittar genom direkt kontakt och som droppsmitta, men infektionen upphör inom några dygn efter att läkemedlet har börjat användas.