Endokardit orsakas av att bakterier kommer in i kroppen och i de flesta fall av ett strukturell hjärtfel. De mest betydande hjärtsjukdomarna som ökar risken för endokardit hos personer under 20 år är olika medfödda klaffel och kammarseptumdefekter.
God och regelbunden rengöring och vård av munnen och tänderna är det bästa sättet att förebygga endokardit, eftersom bakterier i munnen kan orsaka endokardit.
Om man vid operationen av det medfödda hjärtfelet har använt konstgjorda material rekommenderas antibiotikaprofylax (kallas även endokarditprofylax) i sex månader, dvs. förebyggande antibiotikabehandling i samband med efterföljande ingrepp. Samma anvisning gäller situationer då man satt in en stängningsanordning vid hjärtkateteriseringen.