Vid födoämnesallergi har tåligheten för vissa ämnen utvecklats bristfälligt. Immunförsvaret tolkar proteiner i maten som är nyttiga för människan som skadliga och framkallar en försvarsreaktion mot dem. Det här försvarsreaktionen kallas överkänslighet och den tar sig uttryck i symtom på huden, slemhinnorna, i tarmarna och luftvägarna.
Tåligheten förstärks när barnet växer. Tåligheten utvecklas snabbast hos spädbarn och i lekåldern. Därför går de flesta födoämnesallergier hos barn över före skolåldern. Födoämnesallergi mot näringsmässigt centrala födoämnen diagnostiseras inom den specialiserade sjukvården och det kontrolleras med 1–2 års mellanrum om allergin har gått om.