Vastasyntyneiden kipua hoidetaan lääkkeellisesti, kun kipu on voimakasta eivätkä lääkkeettömät menetelmät yksinomaan tuota riittävää kivunlievitystä. Tyypillisesti kipulääkkeitä käytetään hengityskonehoidossa olevilla vastasyntyneillä ja kirurgisten toimenpiteiden aikana ja niiden jälkeen. Tiedetään, että hoitamaton kipu on vastasyntyneelle vahingollista, mutta voimakkaisiin kipulääkkeisiin voi myös liittyä haitallisia sivuvaikutuksia. Oleellista on toteuttaa kivunlievitystä yksilöllisesti kunkin vastasyntyneen kohdalla, jolloin seurataan lääkkeen vaikutusta ja vauvan vointia.
Vahvat kipulääkkeet, kuten morfiini ja fentanyyli, helpottavat kipua vaikuttamalla keskushermostoon siten, että ne nostavat kipukynnystä ja vähentävät kipuaistimusta. Toisaalta näiden käyttöön voi liittyä vastasyntyneen hengitystoimintaa heikentävä vaikutus (hengitystaukoilun lisääntyminen) ja pitempään käytettynä suolen toimintaa lamaava vaikutus (huonontaa maidon sietoa, aiheuttaa tilapäisesti ummetusta). Lievempään kipuun ja keskushermostoon vaikuttavien lääkkeiden tarvetta vähentävänä lääkityksenä voidaan käyttää parasetamolia.
Kipulääkityksen lisäksi vauvoilla suositellaan käytettäväksi lääkkeettömiä kivunlievitysmenetelmiä, kuten vauvan koskettamista, käsikapaloa, kenguruhoitoa ja kapalointia. Nämä ovat turvallisia, tehokkaita ja helposti käytettäviä kivunlievitysmenetelmiä, joita käytetään ensisijaisesti lyhytaikaisten kipua tuottavien toimenpiteiden, kuten kantapäästä otettavien verinäytteiden tai laskimokanyylin laiton aikana. Yleisesti lääkkeettömät kivunlievitysmenetelmät lisäävät vauvan hyvänolon tunnetta ja vähentävät kipua ja stressiä aktivoimalla lapsen omia kivunhallintakeinoja. Vanhemmat voivat osallistua vauvansa lääkkeettömään kivunlievitykseen myös silloin, kun lapsi on tehohoidossa.