Vastasyntyneiden kipua hoidetaan lääkkeellisesti, kun kipu on voimakasta eivätkä pelkät lääkkeettömät menetelmät tuota riittävää kivunlievitystä. Tyypillisesti kipulääkkeitä käytetään hengityskonehoidossa olevilla vastasyntyneillä ja kirurgisten toimenpiteiden aikana ja niiden jälkeen.
Tiedetään, että hoitamaton kipu on vastasyntyneelle vahingollista, mutta voimakkaisiin kipulääkkeisiin voi myös liittyä haitallisia sivuvaikutuksia. Oleellista on toteuttaa kivunlievitystä yksilöllisesti kunkin vastasyntyneen kohdalla, jolloin seurataan lääkkeen vaikutusta ja vauvan vointia.
Vahvat kipulääkkeet, kuten morfiini ja fentanyyli, helpottavat kipua vaikuttamalla keskushermostoon siten, että ne nostavat kipukynnystä ja vähentävät kipuaistimusta. Toisaalta näiden käyttöön voi liittyä vastasyntyneen hengitystoimintaa heikentävä vaikutus, kuten hengitystaukoilun lisääntyminen. Pitempään käytettynä vahvat kipulääkkeet voivat lamata suolen toimintaa (huonontaa maidon sietoa, aiheuttaa tilapäisesti ummetusta).
Lievempään kipuun ja keskushermostoon vaikuttavien lääkkeiden tarvetta vähentävänä lääkityksenä voidaan käyttää parasetamolia.