Ruoka-allergian hoito riippuu siitä, kuinka vaikeita oireet ovat ja kuinka keskeinen vältettävä ruoka-aine on ravitsemuksessa.
Vaikeaoireisessa ruoka-allergiassa hoitona on oireita aiheuttavan ruoan huolellinen välttäminen, joka perustuu aina lääkärin diagnoosiin.
Ravitsemuksellisesti keskeinen vältettävä ruoka-aine korvataan ravintoarvoltaan vastaavilla tuotteilla ja varmistetaan, että lapsi saa riittävästi myös vitamiineja ja kivennäisaineita.
Lievien oireiden vuoksi lapsi ei tarvitse erityisruokavaliota, allergiatestejä eikä lääkärintodistusta. Lieviä oireita aiheuttavat ruoat, esimerkiksi koivuallergian kanssa ristireagoivat kypsentämättömät kasvikset, siirretään koulun ruokailutilanteessa lautasella syrjään vanhempien ilmoituksen perusteella.