Tavallisin syy vastasyntyneen hydronefroosiin eli munuaisaltaan laajentumaan on ahtauma virtsajohtimen ja munuaisaltaan yhtymäkohdassa. Tällaista ahtaumaa kutsutaan PU-obstruktioksi. Virtsajohdin ja virtsarakko ovat yleensä normaaleita, ja ahtauma antaa yleensä periksi ensimmäisinä ikävuosina, mikä nähdään ultraäänitutkimuksissa munuaisaltaan laajentuman vähenemisenä.
Ahtaumaa on harvemmin virtsajohtimen loppupäässä. Virtsajohtimen pää voi olla poikkeavan jäykkä, siinä voi olla limakalvon pullistuma (seele) tai se voi laskea virheellisesti muualle kuin virtsarakkoon (ektopia). Usein nämä rakennepoikkeavuudet liittyvät tilanteeseen, jossa munuaisesta lähtee yhden sijasta kaksi virtsajohdinta (duplex). Tällöin ylempää lähtevän virtsajohtimen pää on usein ahtautunut ja alemman virtsajohtimen pää sallii virtsan takaisinvirtauksen.
Virtsan takaisinvirtsaus virtsarakosta munuaiseen voi aiheuttaa munuaiseen painetta, vaikka ahtaumaa ei virtsateissä ole. Takaisinvirtaus on toiseksi yleisin hydronefroosin syy vastasyntyneellä.
Virtsajohtimen seinämä voi olla myös laiska työntämään virtsaa eteenpäin (idiopaattinen megaureter). Tällöin virtsaa kertyy erityisesti johtimen alueelle. Tällainen seinämän velttous yleensä paranee ensimmäisinä ikävuosina.