Ruoansulatusjärjestelmän ensisijainen tehtävä on pilkkoa ruoka muotoon, jossa elimistön solut voivat käyttää ruoan energian hyväkseen. Suolisto on lisäksi vastustuskyvyn kannalta aktiivinen toimija. Suolistossa on monenlaisia bakteereja, joiden muutokset vaikuttavat lapsen hyvinvointiin.
Ruoka pureskellaan suussa, josta se etenee ruokatorven kautta mahalaukkuun. Mahassa ruokaa käsitellään sulavampaan muotoon. Mahalaukun solut erittävät suolahappoa, joka auttaa ruoansulatuksessa. Mahahappo tuhoaa myös bakteereita. Se on tärkeää lapsen vastustuskyvyn kannalta, sillä lapset altistuvat bakteereille suureksi osaksi suun kautta. Mahasta ruoka siirtyy ohutsuoleen.
Ohutsuoli on laaja elin: vastasyntyneellä se on 2,5 metriä ja teini-ikäisellä noin 4 metriä. Ohutsuolesta ravintoaineet imeytyvät muualle elimistöön. Ohutsuolen pinnalla on suolinukkaa eli villuksia, jotka lisäävät sen pinta-alaa. Ohutsuolessa on erilaisia bakteereita eli mikrobeja, joiden määrällä ja laadulla on vaikutusta vastustuskykyyn.
Paksusuolesta elimistö ottaa talteen vettä ja suoloja, ja tarpeeton materiaali poistuu ulosteena. Paksusuolessa on paljon enemmän erilaisia bakteereita kuin ohutsuolessa. Paksusuolen bakteerien epätasapaino voi aiheuttaa erilaisia vatsavaivoja, esimerkiksi ilmavaivoja, joita kutsutaan toiminnallisiksi oireiksi.
Maksa ja haima osallistuvat ruoansulatukseen erittämällä muun muassa sappinestettä ja erilaisia ruoansulatusentsyymeitä. Maksan ja haiman sairaudet ovat lapsilla harvinaisia.