Ruoansulatusjärjestelmän ensisijainen tehtävä on pilkkoa ruoka muotoon, jossa elimistön solut voivat käyttää ruoan energian hyväkseen. Sen lisäksi suolisto on vastustuskyvyn kannalta aktiivinen toimija. Suolistossa on monenlaisia bakteereja, joiden muutokset vaikuttavat lapsen hyvinvointiin.
Ruoka pureskellaan suussa, josta se etenee ruokatorven kautta mahalaukkuun. Mahassa ruokaa käsitellään sulavampaan muotoon. Mahalaukun solut erittävät suolahappoa, joka auttaa ruoansulatuksessa, mutta se on myös tärkeää lapsen vastustuskyvyn kannalta, koska lapset altistuvat bakteereille suureksi osaksi suun kautta. Mahahappo tuhoaa myös bakteereita. Mahasta ruoka siirtyy ohutsuoleen.
Ohutsuoli on laaja elin (pituus vastasyntyneellä on 2,5 metriä ja teini-ikäisellä noin 4 metriä), josta ravintoaineiden imeytyminen muualle elimistöön tapahtuu. Ohutsuolen pinnalla on suolinukkaa (villuksia), jotka lisäävät sen pinta-alaa. Ohutsuolessa on erilaisia bakteereita eli mikrobeja, joiden määrällä ja laadulla on vaikutusta vastustuskykyyn.
Paksusuolesta elimistö ottaa talteen vettä ja suoloja, ja tarpeeton materiaali poistuu ulosteena. Paksusuolessa on paljon ohutsuolta enemmän erilaisia bakteereita, joiden epätasapaino voi aiheuttaa erilaisia vatsavaivoja, esimerkiksi ilmavaivoja, joita kutsutaan toiminnallisiksi oireiksi. Maksa ja haima osallistuvat ruoansulatukseen erittämällä mm. sappinestettä ja erilaisia ruoansulatusentsyymeitä. Maksan ja haiman sairaudet ovat lapsilla harvinaisia.