Endokardiitin syntyyn tarvitaan bakteerien pääsy elimistöön ja useimmiten rakenteellinen sydänvika. Alle 20-vuotiaiden tärkeimmät endokardiitille altistavat sydänsairaudet ovat erilaiset synnynnäiset läppäviat ja kammioväliseinäaukko.
Suun ja hampaiden hyvä ja säännöllinen puhdistus ja hoito ehkäisee parhaiten endokardiittia, koska suun omat bakteerit voivat aiheuttaa endokardiitin.
Jos synnynnäisen sydänvian leikkauksen yhteydessä on käytetty keinomateriaalia, suositellaan kuuden kuukauden ajan antibioottiprofylaksiaa (voidaan puhua myös endokardiittiprofylaksiasta) eli ennalta ehkäisevää antibioottihoitoa seuraavien toimenpiteiden yhteydessä. Sama ohje koskee tilanteita, joissa sydänkatetrisaatiossa on asetettu sulkulaite.