Magneettikuvauksesta käytetään myös nimityksiä MK ja MRI (magnetic resonance imaging). Magneettikuvauksessa ei käytetä röntgensäteitä, vaan menetelmä perustuu kehossa olevien vetyatomien reagointiin laitteen magneettikentässä. Magneettikuvausta voidaan käyttää paitsi aivojen myös monen muun elimen kuvaamiseen ja sairauksien selvittämiseen. Sillä voidaan kuvata kaikenikäisiä lapsia vauvoista lähtien.
Magneettikuvaus kestää noin 15–45 minuuttia. Magneettikuvauksessa pitää olla aivan paikoillaan, minkä vuoksi pienet lapset nukutetaan tutkimusta varten. Vanhemmat voivat olla mukana tutkimushuoneessa siihen asti, että lapsi nukkuu.
Magneettikuvauslaitteessa on kuvaustunneli, joka on läpimitaltaan noin 60–70 cm. Tunneli on ilmastoitu, valaistu ja avoin molemmista päistä. Kuvauslaitteesta kuuluu ajoittain melko voimakasta ääntä, joten jos tutkittava on hereillä, hän saa kuulosuojaimet, joista voi kuunnella radiota tai muuta musiikkia. Tutkittava saa käteensä myös merkinantonapin, jolla hän saa tarvittaessa yhteyden hoitajaan.