Erilaisia afereesitoimenpiteitä tehdään Helsingissä HUSin Uudessa lastensairaalassa. Muista yliopistosairaaloista voidaan lähettää potilaita saamaan hoitoa Uuteen lastensairaalaan, mikäli hoidosta arvellaan olevan hyötyä potilaalle.
Toimenpiteet tehdään erikoisvalmisteisilla laitteilla, jotka erottelevat veren osat sentrifugoimalla veren ja imemällä ominaispainon mukaan kerrostuneesta verestä halutun kerroksen erilleen. Jäljelle jääneet osat potilaan verestä palautetaan takaisin potilaaseen, ja tarvittaessa siihen voidaan lisätä nestettä (yleensä fysiologista suolaliuosta, albumiinia tai plasmaa) tai palauttaa verestä poistettuja veren osia (esimerkiksi punasoluja tai valkuaisaineita).
Afereesit tapahtuvat täysin steriilisti koneiden sisällä. Potilas tarvitsee toimenpidettä varten hyvin toimivan suoniyhteyden. Useimmiten asennetaan kaksi suonikanyylia, yksi veren ottamiseksi laitteen käsittelyyn ja toinen käsitellyn veren palauttamista varten. Lapset tarvitsevat toimenpidettä varten yleensä pysyvän tai väliaikaisen keskuslaskimokatetrin, mutta isokokoisille lapsille ja nuorille toimenpide onnistuu usein suonikanyylien kautta, kunhan ne ovat riittävän kookkaat ja suurissa suonissa.
Afeereseja tehdään muun muassa plasman (plasmafereesi), valkosolujen (leukafereesi) ja punasolujen (erytrafereesi) erottelemiseksi verestä.