Tieto geneettisestä etiologiasta voidaan saada sukututkimusten tai molekyyligeneettisten tutkimusten perusteella. Kyseessä voi olla virhe kromosomitasolla tai yksittäisen geenin virhe. Geneettinen ei ole sama asia kuin periytyvä, sillä uusia mutaatioita syntyy jatkuvasti, mutta vain sukusolujen mutaatiot voivat siirtyä seuraavaan sukupolveen. Jokaisessa ihmisessä on uusia mutaatioita. Geneettinen epilepsian syy ei myöskään tarkoita sitä, etteikö ympäristötekijöillä voisi olla merkitystä.