Rakenteelliset syyt ovat usein elämän aikana ilmaantuneita, kuten aivoverenkiertohäiriöiden, vamman ja aivotulehduksen jälkitila sekä aivokasvaimet. Synnynnäisiä aivojen kehityshäiriöitä on monenlaisia. Kehityshäiriö voi koskea laaja-alaisesti koko aivojen aluetta, tai se voi esiintyä hyvin pienellä aivoalueella. Osa rakenteellisista muutoksista voi myös olla taustaltaan geneettisiä kuten tuberoosiskleroosi-sairaudessa ja osa aivojen kuorikerroksen kehityshäiriöistä.