Magneettikuvauksella saadaan tietokonekerroskuvausta paremmin esille epilepsiaa aiheuttavia aivojen rakenteellisia muutoksia, joita ovat muun muassa aivojen kehityshäiriöt, verisuonten epämuodostumat, aivovammojen jälkitilat ja hitaasti kasvavat aivokasvaimet. Vammojen jälkitiloja lukuun ottamatta nämä muutokset on usein mahdollista hoitaa leikkauksella, jolloin kohtaukset vähenevät tai saattavat loppua kokonaan.
Magneettikuvauksella saadaan esille myös hippokampusskleroosi ja amygdalaskleroosi. Hippokampus ja amygdala sekä niitä ympäröivät ohimolohkon rakenteet ovat tärkeitä oppimisen ja muistin kannalta. Skleroosi-nimitystä käytetään tyypillisestä ohimolohkoepilepsiassa tavattavasta hippokampuksen ja amygdalan soluvauriosta.
Aivojen kuvantamistutkimuksen tulos voi epilepsiapotilaalla olla myös täysin normaali.