MS-hoidon tärkeimpänä tavoitteena on säilyttää potilaan ikää vastaavaa toimintakykyä mahdollisimman hyvin ja laaja-alaisesti. Koska MS-potilaat ovat sairastuessaan yleensä nuoria, hoidon tavoitteena on omatoimisuuden ja hyvän fyysisen toimintakyvyn lisäksi opiskelu- ja työkyvyn säilyttäminen. Hoidon lääketieteellisinä välitavoitteena ovat pahenemisvaiheiden estäminen ja magneettikuvissa näkyvien tulehdusmuutosten sammuttaminen.
Parhaisiin hoitotuloksiin päästään, kun potilaalle sopivimmaksi katsottu MS-lääkehoito aloitetaan pian diagnoosin varmistumisen jälkeen ja lääkehoidon lisäksi huolehditaan omasta kehosta terveellisiä elämäntapoja noudattamalla. Taudissa on eri alatyyppejä, joista yleisin on aaltomainen taudinkulku (RRMS). Lääkärin on vaikea antaa heti taudin alkuvaiheessa kovin tarkkaa ennustetta potilaan sairauden vaikutuksista tuleviin vuosiin tai vuosikymmeniin. Nykyisin RRMS-taudissa kyetään kuitenkin arvioimaan, onko kyseessä aktiivinen tauti, vaiko erittäin aktiivinen aaltomainen tautimuoto.
Erittäin aktiivisessa taudissa on suurempi pahenemisvaiheiden ja toimintakyvyn heikentymisen riski, mikä vaikuttaa MS-lääkkeen valintaan. Luokittelu aktiivisen ja erittäin aktiivisen RRMS:n välillä perustuu sekä pahenemisvaiheiden että magneettimuutosten arviointiin. Oirekuvan kartoituksella selvitetään kuinka monta pahenemisvaihetta on tiettynä ajanjaksona esiintynyt ja minkälaisia oireita pahenemisvaiheeseen on liittynyt. Magneettikuvissa tarkastellaan tulehdusaktiivisuuden astetta, MS-muutosten määrää ja sijaintia.