MS-taudin lääkehoito valitaan taudin tulehduksellisen aktiivisuuden mukaan: onko tauti aktiivinen vai erittäin aktiivinen? Sama kysymys kysytään sekä jo diagnoosivaiheessa että säännöllisesti myös lääkehoidon aikana. Taudin tulehduksellinen aktiivisuus määritetään sekä pahenemisvaiheiden esiintymisen että magneettikuvausseurannan avulla. Sen mukaan valitaan tilanteeseen sopiva lääkehoito.
Lääkkeen valinnassa harkitaan lääkärin kanssa kunkin valmisteen hyötyjä ja haittoja, taudin tyyppiä ja kulkua sekä omaa elämäntilannetta. Lääkkeistä saatavat hyödyt ja haittavaikutukset ovat yksilöllisiä, ja sopivan lääkityksen löytämiseksi voidaankin joutua kokeilemaan useita erilaisia lääkevalmisteita. Osa MS-taudin lääkkeiden haittavaikutuksista voi lieventyä ajan mittaan säännöllisessä käytössä.