Migreenin estolääkkeinä käytetään perinteisesti verenpainelääke-, masennuskipulääke- ja epilepsiaryhmän lääkkeitä. Verenpaineryhmästä esim. bisoprolol, metoprolol, propranolol ja kandesartaani ovat paljon käytössä olevia tämän ryhmän valmisteita. Niillä on usein vain vähän sivuoireita.
Verenpainelääkkeistä verapamiilia ja epilepsialääkkeistä gabapentiinia ja topiramaattia käytetään sarjoittaisen päänsäryn estohoidossa. Muita sarjoittaisen päänsäryn estolääkkeitä ovat litium (kaksisuuntaisen mielialahäiriön lääke) ja melatoniini isohkolla annoksella.
Masennuskipulääkeryhmästä amitriptyliini tai nortriptyliini ovat tavallisia migreenin ja jännityspäänsäryn estolääkkeitä. Niiden teho voi tulla näkyviin jo pienelläkin 10-20 mg annoksella säännöllisesti käytettynä.
Migreenin hoidossa topiramaatti on todettu tehokkaaksi, mutta toisinaan sivuoireet (esim. sekava olo) estävät sen käytön. Aiemmin epilepsialääkkeistä valproaattia käytettiin enemmänkin, mutta nykyisin ainakaan nuoremmilla naisilla sitä ei migreenin estolääkkeenä enää käytetä, koska sivuoireena on todettu mahdollista munasarjojen monirakkulatautia ja muita haittoja.
Kroonisen migreenin hoitoon (päänsärkyä vähintään 15 päivänä kuukaudessa) voidaan kolmen kuukauden välein käyttää botuliinipistoksia (erityisen migreenikaavion mukaan annettuna) lääkärin tai pistoksien antoon koulutetun hoitajan toimesta. Botuliinihoitoa voidaan julkisella puolella testata yleensä kaksi hoitokertaa ja mikäli potilas hyötyy (migreenipäivät selvästi vähenevät), hoitoa voidaan jatkaa yksityissektorilla.