Ketogeenista ruokavaliota tai mukailtua ketogeenistä ruokavaliota (Atkinsin dieettiä) voidaan harkita vaikean epilepsian hoidossa, jos epilepsialääkkeillä ei saada riittävää vastetta, haittavaikutuksia esiintyy runsaasti eikä kirurginen hoito ole mahdollista. Ruokavalion toteuttaminen on aikaa vievää ja vaatii tiivistä yhteistyötä ruokavaliohoitoon perehtyneen ravitsemusterapeutin kanssa.
Tärkein toistaiseksi tunnistettu hoidettava aineenvaihdunnallinen epilepsia on glukoosin kuljettajaproteiini tyyppi 1 -puutosoireyhtymä (Glucose transporter type 1 deficiency syndrome (GLUT1-DS)), johon liittyy kehityksen hidastuminen. Oireyhtymän aiheuttaa mutaatio SLC2A1-geenissä. Epilepsialääkkeet eivät yksinään auta potilasta, vaan oireyhtymän hoitoon käytetään ketogeenistä ruokavaliota.