Narkolepsiaa sairastavan yöuni on usein hyvin rikkonaista. Pieniä havahtumisia on runsaasti, unen rakenne on poikkeavaa ja REM-unta eli vilkeunta ilmenee normaalia aikaisemmin. Jotkut narkolepsiaa sairastavat voivat kokea nukkuvansa vuorokauden aikana poikkeavan paljon väsymyksen, torkahtelujen tai päiväunien vuoksi. Toiset taas kokevat kärsivänsä jatkuvasta univajeesta ja nukkuvansa tavanomaista vähemmän rikkonaisen yöunen johdosta.
Uni voi olla motorisesti levotonta johtuen etenkin vilkeuneen normaalisti liittyvän lihaslaman puuttumisesta. Tämä johtaa unennäköön liittyvään liikehdintään.