Lääkehoidon haitat ovat selvempiä lääkitystä aloitettaessa ja vaikeahoitoisessa epilepsiassa käytettäessä suuria annoksia ja yhdistelmälääkitystä. Lääkkeiden haittojen kokeminen on kuitenkin yksilöllistä ja ajan kuluessa myös ainakin osittaista mukautumista haittoihin tapahtuu. Erityisesti lääkehoitoon liittyvä väsymys voi vaikeuttaa monimutkaisempia tiedonkäsittelytoimintoja kuten pitkäkestoista keskittymistä, ongelmanratkaisua sekä muistamista.