Det autonoma nervsystemet reglerar tarmfunktionen. Autonom neuropati kan orsaka diarré eller förstoppning. Å andra sidan är både diarré och förstoppning ganska vanliga besvär av många anledningar. Även diabetesläkemedel, särskilt metformin, kan orsaka magbesvär. Andra vanliga anledningar utesluts genom grundläggande undersökningar.
Genom laboratorieundersökningar kan man utreda eventuell anemi som ett tecken på tarmblödningar, inflammationsvärden i blodet, funktionsstörningar i sköldkörteln, laktosintolerans och celiaki. Genom avföringsprov kan man utreda en eventuell tarmblödning, enzymaktiviteten i bukspottkörteln eller inflammation i tarmen. Vid behov gör man en kontraströntgen eller skopi av tjocktarmen.
Diarré kopplat till neuropati kan behandlas utifrån symtom med psyllium och vid behov med loperamid- eller kodeinpreparat. Förstoppning behandlas med vanliga förstoppningsläkemedel.