Den vanligaste orsaken till underfunktion i sköldkörteln (hypotyreos) bland personer med typ 1 diabetes är en autoimmun inflammation i sköldkörteln. I sådana fall går det att konstatera att det förekommer permanent, eller åtminstone vid något skede, TPO-antikroppar (antikroppar mot tyreoideaperoxidas) som mäts i blodet.
Vid hypotyreos får hypofysen signaler att det finns för lite sköldkörtelhormon i kroppen. Hypofysen börjar då utsöndra mer TSH-hormon (hormon som stimulerar tyreoidea, dvs. sköldkörteln) och TSH-hormonnivån i blodet ökar. Förhöjt TSH leder till ökad produktion av sköldkörtelhormonerna tyroxin (T4) och trijodtyronin (T3). Småningom sjunker dock nivån av sköldkörtelhormon och symtom på hypotyreos börjar förekomma.
Hos personer med diabetes kan obehandlad underfunktion i sköldkörteln öka förekomsten av för låga blodsockerhalter. Vid underfunktion ökar mängden LDL-kolesterol i blodomloppet.