Kuukautiskipu, joka estää työssä tai koulussa käynnin, ei ole normaaliin elämään kuuluvaa, ja silloin on syytä epäillä endometrioosia kipujen aiheuttajana. Endometrioosipotilaiden kuukautiskipu alkaa usein jo ennen varsinaista kuukautisvuotoa, ja kipuoireita voi olla myös muussa vaiheessa kiertoa.
Monet endometrioosipotilaat kärsivät tärinäkivuista sekä jatkuvasta väsymyksestä. Myös epätavallisten kipuoireiden esiintyminen nimenomaan kuukautisvuodon aikana voi viitata endometrioosiin. Tällaisia oireita ovat esimerkiksi kuukautisten aikana esiintyvä hartiakipu, mikä viittaa pallean endometrioosiin.