Endometrioosia ei voida kokonaan parantaa tai poistaa mutta oireita voidaan merkittävästi lievittää. Hormonihoito ja riittävä kipulääkitys ovat ensisijaisia vaihtoehtoja, ja kivun hoito onkin erittäin tärkeää kivun kroonistumisen ehkäisemiseksi.
Hormonaalinen hoito ei tule kysymykseen, mikäli potilas toivoo raskautta, koska kaikki hormonaaliset hoidot ehkäisevät raskauden alkamisen. Kirurginen hoito tulee kyseeseen vaikeissa tautimuodoissa, tai jos lääkkeellisellä hoidolla ei päästä toivottuun lopputulokseen.
Myös ei-lääkkeelliset hoidot helpottavat useiden endometrioosipotilaiden elämää. Akupunktio, vyöhyketerapia, fysioterapia, punaisen lihan ja sokerin välttäminen auttavat osaa potilaista.