Endometrioosia voi olla myös virtsarakon seinämässä, suolistossa (paksusuolen, peräsuolen, ohutsuolen tai umpilisäkkeen pinnalla tai seinämässä), palleassa, kohdussa, emättimen pohjukassa tai emättimen ja peräsuolen välisessä seinämässä (ns. rektovaginaalisen septumin endometrioosi) sekä vatsanpeitteiden leikkausarvissa.
Endometrioosi jaetaan kolmeen pääryhmään esiintymispaikkansa mukaisesti:
- Pinnallinen vatsakalvon endometrioosi
- Munasarjan endometrioosi (ns. endometrioomat)
- Syvä endometrioosi
Pinnalliset endometrioosipesäkkeet ovat muutaman millimetrin kokoisia pistemäisiä pesäkkeitä vatsaontelon pinnoilla. Niiden väri vaihtelee tuoreista läpikuultavista tai punertavista pesäkkeistä sinertävän rusehtaviin vanhempiin pesäkkeisiin. Pesäkkeiden arpeutuessa ne muuttuvat valkoisiksi.
Munasarjan sisälle voi muodostua vanhaa verta sisältävä endometrioosikysta eli endometriooma. Endometriooman koko voi vaihdella yhdestä senttimetristä jopa kahteenkymmeneen senttimetriin.
Endometrioosipesäkkeitä, jotka kasvavat kudokseen yli 5 millimetrin syvyyteen, kutsutaan syväksi endometrioosiksi. Tätä endometrioosin muotoa esiintyy noin 10 prosentilla endometrioosipotilaista. Syvän endometrioosin tavallisimmat esiintymispaikat ovat kohdun takakannatinsiteet (sakrouteriiniset ligamentit), vaginan takaseinämä sekä peräsuolen (rektumin) seinämä. Syvää endometrioosia voi esiintyä myös virtsateissä, tavallisimmin rakon seinämässä. Pikkulantion sivuilla tai lähellä kohdun takakannatinsiteitä kasvaessaan endometrioosi voi ahtauttaa munuaisista virtsarakkoon kulkevia virtsajohtimia aiheuttaen munuaisaltaan laajentuman. Syvää endometrioosia esiintyy arviolta 10 prosentilla endometrioosipotilaista.