​Endometrioosi jaotellaan kolmeen pääryhmään esiintymispaikkansa mukaisesti: 

• pinnalliseen vatsakalvon endometrioosiin 
• munasarjojen endometrioosiin (ns. endometrioomat) 
• ja syvään endometrioosiin.
  

Pinnalliset endometrioosipesäkkeet ovat muutaman millimetrin kokoisia pistemäisiä pesäkkeitä vatsaontelon pinnoilla. Niiden väli vaihtelee tuoreista läpikuultavista tai pinnallisista pesäkkeitä sinertävän rusehtaviin vanhempiin pesäkkeisiin. Pesäkkeiden arpeutuessa ne muuttuvat valkoisiksi. 

Munasarjan sisälle voi muodostua nestettä sisältävä rakkula eli kysta. Munasarjakystia on monenlaisia, mutta endometrioosikysta eli endometriooma sisältää vanhaa verta. 

Syvän endometrioosin tavallisimmat esiintymispaikat ovat pikkulantion pohja, kohdun takakannattimet (sakrouteriiniset ligamentit), vaginan takaseinämä sekä peräsuolen (rektumin) seinämä. Syvästä endometrioosista, joka ulottuu vaginan ja/tai rektumin seinämään ja sivuilla sakrouteriinisiin ligamentteihin, käytetään nimitystä rektovaginaalinen endometrioosi. Syvää endometrioosia esiintyy myös virtsateissä, tavallisimmin rakon seinämässä. Pikkulantion sivuilla kasvaessaan endometrioosi voi ahtauttaa virtsatiehyitä. Syvää endometrioosia esiintyy arviolta 10 prosentilla endometrioosipotilaista.