Kilpirauhasen vajaatoiminnan tavallisimmat syyt ovat Basedowin taudin takia tehty kilpirauhasen poistoleikkaus ja radiojodilla aikaansaatu kilpirauhasen toiminnan loppuminen. Syynä voi olla myös krooninen autoimmuunityreoidiitti, jossa on vasta-aineita kilpirauhasen kudoksia kohtaan. Lisäksi 2-3 prosenttia äideistä potee subkliinistä kilpirauhasen vajaatoimintaa, jossa kilpirauhasarvot poikkeavat viitearvoista, mutta odottaja on oireeton.
Hoitamaton tai vajaahoidettu kilpirauhasen vajaatoiminta lisää keskenmenon, pre-eklampsian, anemian, sikiön kasvuhidastuman ja istukan ennenaikaisen irtoamisen riskiä sekä altistaa lapsen perinataali- ja neonataalikuolemalle. Äidin kilpirauhashormoni tyroksiini kulkeutuu sikiöön sekä ennen sikiön oman tyroksiinitoiminnan käynnistymistä että sen jälkeen. Toisen raskauskolmanneksen aikana aivojen arkkitehtuurin kehittyessä sikiöperäinen tyroksiini tulee lähes yksinomaan äidiltä. Tällöin äidin kilpirauhasen vajaatoiminta voi johtaa lapsen korjautumattomaan aivovaurioon.
Viime vuosina on saatu näyttöä, että äidin rajapintainenkin kilpirauhasen vajaatoiminta altistaa sikiön neuropsykologisen kehityksen häiriöille. Odottavan äidin tyroksiinin tarve lisääntyy jo viidenteen raskausviikkoon mennessä. Lisä on keskimäärin 30 prosenttia kymmenenteen raskausviikkoon ja 50 prosenttia 20. raskausviikkoon mennessä. Tästä syystä tyroksiinikorvaushoitoa saavan naisen tulee lisätä lääkeannostaan 30 prosentilla (noin 25 µg) heti, kun raskaus on todettu. Raskauden aikana annosseurantaa kannattaa tehdä aluksi 4-6 viikon välein ja tyroksiiniannosta säädetään TSH-tason perusteella. Synnytyksen jälkeen palataan raskautta edeltäneeseen lääkeannokseen.