Endometrioosikivun hoidossa tarvitaan usein tavallista kipulääkitystä (mm. parasetamoli, ibuprofeeni). Kivun kroonistuessa pohditaan kipukynnyksen nostolääkkeiden aloittamista usein yhteistyössä kipulääkäreiden kanssa. Endometrioosipotilas tarvitsee lähtökohtaisesti hormonaalista hoitoa kipulääkkeiden ohella.
Endometrioosipotilas tarvitsee lähtökohtaisesti hormonaalista hoitoa kipulääkkeiden ohella koko hedelmällisen iän ajan. Kun epäily endometrioosista syntyy, pitää kivun hoito aloittaa mahdollisimman pian kivun kroonistumisen estämiseksi. Koska estrogeenilla on keskeinen rooli endometrioosikivun synnyssä, on hoidossa perinteisesti pyritty estämään ovulaatiota ja näin vähentämään munasarjaperäistä estrogeenieritystä. Yhdistelmäehkäisyvalmisteet (tabletit, rengas ja laastari) ja keltarauhashormoni ovat käytetyimmät hoitomuodot niiden hyvän siedettävyyden ja suhteellisen edullisen hinnan vuoksi. Yhdistelmäehkäisyvalmisteen aloituksessa on huomioitava samat vasta-aiheet kuin ehkäisyä aloitettaessa yleensäkin, eli yhdistelmäehkäisyn käyttöön liittyvä hieman lisääntynyt veritulppariski. Keltarauhashormonivalmisteisiin tällaista riskiä ei liity. Keltarauhashormonitabletteja on useita eri merkkejä ja usein kokeilemalla löytyy sopiva valmiste. Tauoton keltarauhashormonihoito hoitaa samalla ehkäisyn.
Keltarauhashormoni voidaan annostella myös paikallisesti kohtuun käyttämällä hormonikierukkaa. Hormonikierukasta vapautuu levonorgestreeli-keltarauhashomonia, minkä seurauksena kohdun limakalvo ja endometrioosipesäkkeet kutistuvat. Hormonikierukka näyttäisi olevan tehokas hoitomuoto myös syvässä endometrioosissa.
Vaikka hormonihoitojen vaikutus perustuu ensisijaisesti ovulaation estoon ja sitä kautta estrogeenisynteesin vähentymiseen, on hormonihoidoilla myös muita vaikutusmekanismeja. Ne vähentävät vatsaontelon tulehdusta, endometrioosin leviämiseen tarvittavien uudisverisuonten muodostumista ja kipuhermosäikeiden määrää. Kaikki hormonaaliset hoidot vähentävät kuukautisvuodon määrää, jolloin myös vatsaontelon puolelle munanjohtimien kautta valuva kuukautisvuoto - poikkeava kohdun limakalvo - vähenee. Tämä mekanismi on todennäköisesti luultua tärkeämpi hormonihoitojen vaikutusmekanismi. Endometrioosipotilaan hoidossa kannattaakin suosia mahdollisimman vuodottomia hoitoja.
Hankalissa tilanteissa, mikäli edellä mainitut hormonihoidot eivät auta, harkitaan voimakkaan hormonihoidon aloitusta. Tällaisia ovat kerran kuussa pistoksina otettavat aivolisäkkeen hormonitoimintaa vähentävät lääkkeet eli ne aiheuttavat keinotekoisen vaihdevuositilanteen ja estrogeenierityksen vähenemisen. Jotta pistokset eivät pitkässä hoidossa aiheuttaisi vaihdevuosioireita tai luun haurastumista, niiden rinnalle aloitetaan usein näitä oireita helpottavat estrogeeni-keltarauhashormoniyhdistelmä. Vaihtoehtoisesti voidaan miettiä yhdistelmäehkäisyn kanssa ns. aromataasi-estäjä-tabletteja, joilla estetään myös muualta kuin munasarjoista erittyvän estrogeenin syntyminen.
Endometrioosikirurgiaa tarvitaan, jos hormonaalisista hoidoista huolimatta kivut jatkuvat. Tässä vaiheessa potilas on syytä ohjata erikoissairaanhoitoon arvioon. Oireeton potilas ei tarvitse leikkausta.
Endometrioosileikkaukset tehdään useimmiten nukutuksessa tähystysleikkauksella eli laparoskopialla. Vatsaontelo täytetään hiilidioksidilla navan alla olevasta ihoviillosta hyvän näkyvyyden saamiseksi. Navan kautta laitetaan tähystin vatsaonteloon ja muut instrumentit alavatsalla olevien 2-3 ihohaavan kautta. Laparoskopiassa voidaan polttaa tai poistaa pinnallisia tai syviä endometrioosipesäkkeitä. Endometrioomien poisto onnistuu myös hyvin laparoskopilla. Toimenpiteen lopuksi hiilidioksidi poistetaan vatsaontelosta, mutta joillakin potilailla voi esiintyä ohimenevää hartiapistosta tai pahoinvointia. Nämä leikkaukset ovat yleensä päiväkirurgisia eli potilas kotiutuu toimenpidepäivänä ja toipumisaikaa on 5-7 vrk. Vaikeassa tautimuodossa tarvittavat virtsarakon tai suolen endometrioosipesäkkeiden poistotkin onnistuvat laparoskooppisesti, mutta kotiutus tapahtuu vasta parin päivän sisällä. Joskus endometrioosi aiheuttaa vaikeita kiinnikkeitä liimaamalla läheiset kudokset kiinni toisiinsa, jolloin leikkauksen onnistuminen saattaa vaatia avoleikkauksen suuremman ihoviillon kautta. Uusiutuneessa endometrioosissa – mikäli lääkehoito ei tehoa – voidaan endometrioosikudoksen poiston lisäksi tarvita kohdun ja munasarjojen poisto.
Endometrioosileikkaksen jälkeen suositellaan horminihoidon jatkamista taudin uusiutumisen estämiseksi, ellei raskaus juuri sillä hetkellä ole ajankohtainen.
Ei-lääkkeelliset hoidot helpottavat useiden endometrioosipotilaiden elämää. Akupunktio, vyöhyketerapia, fysioterapia, punaisen lihan ja sokerin välttäminen auttavat osaa potilaista.