Leikkaushoidoilla saadaan osalla potilaista kipuoireeseen pysyvämpi tulos kuin lääkehoidolla. Eri tutkimuksissa noin 80 - 90 prosentilla potilaista kivut helpottavat leikkauksen jälkeen. Kolmen vuoden kuluessa kivut uusiutuvat noin joka neljännellä potilaalla, ja uuteen leikkaukseen joutuu 10 - 15 prosenttia potilaista. Leikkauksen jälkeen lääkehoitoa voidaan jatkaa, tai se voidaan aloittaa endometrioosin ja kipujen uusiutumisen ehkäisemiseksi.
Lapsettomuuspotilailla leikkaushoitoa harkitaan ainoastaan, mikäli se kipuoireiden kannalta on välttämätöntä. Lisäksi kookkaat munasarjojen endometrioosikystat pyritään usein poistamaan ennen koeputkihedelmöityshoitoja, mikäli ne hankaloittavat hoidon toteuttamista.
Leikkaustavat
Leikkaus voidaan tehdä joko tähystämällä eli laparoskopialla tai avoleikkauksena. Molemmat leikkausmenetelmät vaativat nukutuksen.
Tähystysleikkauksen etuna on nopea toipuminen, vähäiset leikkauksen jälkeiset kivut sekä lyhyt sairaalassaoloaika ja työstä poissaolo. Suurin osa leikkauksista tehdään tähystämällä, mutta hankalan kiinneketilanteen tai vaikeassa paikassa sijaitsevien endometrioosipesäkkeiden vuoksi joudutaan joskus turvautumaan avoleikkaukseen.
Leikkaushoitoon voi liittyä erilaisia komplikaatioita, joista yleisimpiä ovat erilaiset tulehdukset. Leikkauksen aikana voi esiintyä verenvuotoa, ja operaation jälkeen riski laskimotukokseen on lisääntynyt.
Leikkaushoito voi aiheuttaa kiinnikkeitä ja mikäli operoidaan syvää endometrioosia, voi mahdollisten hermovaurioiden aiheuttamia virtsarakon ja suoliston toimintahäiriöitä esiintyä.