Munuaisten vajaatoiminta vaikuttaa sekä lääkkeiden valintaan että niiden annosteluun. Lääkkeen valmisteyhteenvedossa kerrotaan sen sopivuudesta munuaisten vajaatoiminnassa. Lääkäri huomio potilaan munuaistilanteen määrätessään lääkevalmisteita.
Vaikeassa munuaisten vajaatoiminnassa tiettyjä diabeteslääkkeitä ei voida käyttää. Se voi myös olla yksi syy insuliinihoitoon siirtymiseen.
Osalla diabeteslääkkeistä on todettu verensokerin laskun ohella myös munuaisten toiminnan heikentymistä ja sydän- ja verisuonisairauksia vähentävää vaikutusta.
Tulehduskipulääkkeet (esim. ibuprofeeni, ketoprofeeni ja naprokseeni) voivat heikentää munuaisten verenkiertoa. Niitä tulee käyttää harkiten ja pyrkiä välttämään pitkäaikaista käyttöä.