Tavallisin syy tyypin 1 diabetesta sairastavien kilpirauhasen vajaatoimintaan (hypotyreoosi) on kilpirauhasen autoimmuunitulehdus. Tällöin voidaan todeta pysyvästi tai ainakin jossain vaiheessa verestä mitattavia TPO-vasta-aineita (tyroideaperoksidaasi vasta-aineet).
Kilpirauhasen vajaatoiminnassa viesti elimistön liian vähäisestä kilpirauhashormonimäärästä välittyy aivolisäkkeelle. Aivolisäke lisää tällöin TSH-hormonin (tyreoideaa eli kilpirauhasta stimuloivan hormonin) eritystä ja sen pitoisuus veressä nousee. TSHn nousu lisää kilpirauhashormoneiden eli tyroksiinin (T4) ja trijodityroniinin (T3) tuotantoa. Vähitellen kilpirauhashormonien pitoisuus kuitenkin laskee ja kilpirauhasen vajaatoiminnan oireita ilmaantuu.
Diabetesta sairastavalla hoitamaton kilpirauhasen vajaatoiminta voi lisätä liian matalien verensokereiden esiintymistä. Kilpirauhasen vajaatoiminnassa LDL-kolesterolin määrä verenkierrossa lisääntyy.