APECED on synnynnäinen autoimmuunisairaus, joka johtuu AIRE-geenin mutaatioista. Autoimmuunisairauksissa elimistö hyökkää omia kudoksia vastaan. AIRE on yksi DNA:n lukua RNA:ksi säätelevistä ns. transkriptiotekijöistä. AIRE-geenin tuotteella on keskeinen tehtävä siinä, että puolustusjärjestelmämme tunnistaa elimistön omat rakenteet harmittomiksi. AIRE:n ohjaamana toisaalta tuhotaan omia rakenteita vastaan kohdistuneet ns. autoreaktiiviset T-lymfosyytit kateenkorvassa, imurauhasissa ja pernassa.
Diagnoosia epäillään tyypillisen oirekuvan pohjalta. Diagnoosi varmistetaan joko tutkimalla verestä interferonivasta-aineet tai geenitestillä.