APECED är en medfödd autoimmun sjukdom, som beror på mutationer i AIRE-genen. I autoimmuna sjukdomar attackerar kroppen sina egna vävnader. AIRE är en av de transkriptionsfaktorer som överför DNA-information till RNA. AIRE-genens produkt har en central uppgift genom att vårt försvarssystem identifierar kroppens egna strukturer som ofarliga. AIRE styr å andra sidan förstöringen av s.k. autoreaktiva T-lymfocyter i thymus, lymfkörtlarna och mjälten som riktar sig mot kroppens egna strukturer.
Diagnosen misstänks utifrån den typiska symtombilden. Diagnosen säkerställs antingen genom att undersöka interferon-antikroppar i blodet eller genom gentest.