Uusien lääkkeiden pitkäaikaisvaikutuksia ei vielä tunneta. Lähes kaikkien harvinaislääkkeiden kehitystyö perustuu melko pieniin potilasaineistoihin, jolloin kaikki hyödyt ja haitat eivät vielä ole voineet tulla tietoon.
Osa lääkkeistä auttaa taudin oireiden kulkuun vain vähän, jolloin niitä käytetään lähinnä siksi, ettei parempaakaan hoitoa ole tiedossa.
Osaan sairauksia lääkkeiden kehittäminen on hankalaa tai mahdotonta. Lääkkeen saaminen juuri niihin kudoksiin, joissa sen tulisi vaikuttaa, saattaa olla mahdotonta. Esimerkiksi entsyymihäiriön korjaaminen voi olla lähes mahdotonta, koska tarvittava entsyymi ei leviä keskushermostoon.
Osa harvinaissairauksista johtuu jo sikiönkehityksen aikana tapahtuneista vaurioista, joita on myöhäistä estää syntymän jälkeen. Jos esimerkiksi näköaisti ei ole kehittynyt normaalisti sikiövaiheessa, sitä ei voida korjata myöhemmin.