Harvinaislääkkeiden kehittämistä ja markkinoille saamista valvoo Euroopan lääkevirasto. Suomessa harvinaislääkkeiden kehittämistä ja myyntilupa-asioita seuraa Lääkehoidon turvallisuus- ja kehittämiskeskus Fimea.
Pääosa harvinaislääkkeiden tutkimuksesta tapahtuu Euroopassa, USA:ssa ja Japanissa. Niiden lääkelaitosten harvinaislääkkeiden tutkimukselle ja kehitystyölle asetut vähimmäisvaatimukset eroavat toisistaan. Yhteistä vaatimuksille on vaihtelevan pituinen myyntisuoja (exclusivity) lääkkeen saatua myyntiluvan ja höllemmät vaatimukset varsinaista kliinistä lääkekäyttöä edeltäville ns. faasi I-III:n tutkimuksille.