Harvinaislääkkeiden kehittämistä ja markkinoille saamista valvoo Euroopan lääkevirasto. Suomessa harvinaislääkkeiden kehittämistä ja myyntilupa-asioita seuraa Lääkehoidon turvallisuus- ja kehittämiskeskus Fimea.
Pääosa harvinaislääkkeiden tutkimuksesta tapahtuu Euroopassa ja USA:ssa. Niiden lääkelaitosten harvinaislääkkeiden tutkimukselle ja kehitystyölle asetut vähimmäisvaatimukset eroavat toisistaan. Yhteistä vaatimuksille on vaihtelevan pituinen myyntisuoja (exclusivity) lääkkeen saatua myyntiluvan ja höllemmät vaatimukset varsinaista kliinistä lääkekäyttöä edeltäville ns. faasi I-III:n tutkimuksille.


