Alla ämnesomsättningssjukdomar är sällsynta sjukdomar. Enstaka sjukdomar är mycket sällsynta, men som grupp är de mycket vanliga. Bakom sjukdomen kan man i allmänhet konstatera en genförändring som gör att ett enzym i kroppen fungerar på fel sätt. Felaktig enzymfunktion orsakar exempelvis

• partiell eller total brist på en viss ämnesomsättningsprodukt,
• överproduktion av ett giftigt ämne när kroppen belastas eller
• stegvis ökande ansamling av en viss ämnesomsättningsprodukt.

Störningen kan vara förknippad med bland annat ämnesomsättning av proteiner, fettämnen, kolhydrater eller nukleinsyror.

En ärftlig ämnesomsättningssjukdom kan uppträda vid vilken ålder som helst. I allmänhet märks symtomen på de allvarliga formerna av sjukdomen mycket tidigt – till och med innan födseln. Med hjälp av screening av nyfödda kan man numera upptäcka en del av ämnesomsättningssjukdomarna. Då kan behandlingen inledas innan sjukdomen orsakar egentligt insjuknande, som kan vara livsfarligt och leda till permanenta skador. Ju lindrigare sjukdomen är, desto senare utvecklas symtomen. Fynd av samma sjukdom under uppväxtåldern kan skilja sig mycket från fynd som utvecklas efter uppväxtåldern.

I odiagnostiserade fall finns det skäl att misstänka ämnesomsättningsstörningar utöver allmänna orsaker, om patienten har oförklarliga, egendomliga neurologiska fynd och ett psykiatriskt problem och/eller om man konstaterar flera avvikande fynd i de inre organen som fördelar sig på flera specialområden.