Om biverkningar uppstår är den vanligaste illamående. Andra mindre vanliga biverkningar är irritation av slemhinnorna (mun, tandkött), sår, mag- och tarmproblem, såsom diarré, kräkningar och huvudvärk. Benmärgs-, lever-, lung- och njurfunktionen övervakas genom blod- och urinprov under medicineringen.
Om symtom på inflammatoriska sjukdomar (feber, hosta, och så vidare) uppträder under behandlingen bör du uppsöka läkare så snart som möjligt. Avbryt medicineringen under behandlingen av febriga inflammatoriska sjukdomar. Medicinering bör avbrytas också vid plötsliga kräkningar eller diarre om det finns risk för betyndande uttorking i kroppen.
Särskilt höga doser kan försämra benmärgsfunktionen, vilket leder till minskad produktion av blodkroppar (minskning av vita blodkroppar, eller leukocyter, och blodplättar, eller trombocyter). Blåmärken som uppträder utan någon uppenbar anledning kan vara resultatet av ett lågt antal blodplättar.
Biverkningar kan förebyggas genom att använda ett folsyratillskott (Folvite®, Acid folic, Folic Acid). Dosen är vanligtvis 5 mg 3–12 timmar efter metotrexat och/eller följande morgon. Den injicerbara formen av läkemedlet ger vanligtvis färre biverkningar i mag-tarmkanalen.