Jos haittavaikutuksia ilmenee, yleisin on pahanolon tunne. Muita harvinaisimpia haittavaikutuksia ovat limakalvojen (suu, ikenet) ärtyminen, haavaumat, vatsa- ja suolistovaivat kuten ripuli, oksentelu ja päänsärky. Luuytimen, maksan, keuhkojen ja munuaisten toimintaa seurataan veri- ja virtsakokeilla lääkityksen aikana.
Jos hoidon aikana ilmaantuu tulehdussairauksien oireita (kuume, yskä ym.), on hakeuduttava herkästi lääkärin tutkimuksiin. Tauota lääkitys kuumeisten tulehdustautien hoidon aikana. Lääkitys tulee tauottaa myös äkillisen oksentelun tai ripulin aikana, mikäli elimistön merkittävä kuivumistila on mahdollinen.
Etenkin suurilla annoksilla voidaan haitata luuytimen toimintaa, jolloin verisolujen muodostuminen vähenee (valkosolut eli leukosyytit ja verihiutaleet eli trombosyytit laskevat.) Mustelmien ilmaantuminen ilman selvää syytä voi olla seurausta verihiutaleiden mataluudesta.
Haittavaikutuksia voidaan ehkäistä käyttämällä foolihappovalmistetta (Folvite®, Acid folic, Folic Acid). Sen annos on yleensä 5 mg 3 – 12 tuntia metotreksaatin jälkeen ja/tai seuraavana aamuna. Pistosmuotoinen lääke aiheuttaa yleensä vähemmän maha-suolikanavan haittavaikutuksia.
