Varhainen diagnoosi on tärkeää ja hyödyllistä. Uudemmat ns. painelupisteille vaihtoehtoiset diagnostiset kriteeristöt perustuvat oirekyselyyn kivun laaja- alaisuudesta, oireiden esiintymisestä ja vaikeusasteesta, ja se on hyvä apuväline. Diagnoosi perustuu edelleen potilaan haastatteluun ja tarkkailuun sekä erityisen huolelliseen potilaan tutkimiseen.
Joskus liitännäissairaudet vaikeuttavat diagnostista arviota. Tällöin lääkärin tehtävä on arvioida, onko fibromyalgialle tyypillinen kivun laaja-alaisuus ja oheisoireet hallitseva komponentti ja onko potilaalla myös muita spesifisemmin hoidettavia oheissairauksia. Fibromyalgiadiagnoosi on voimassa huolimatta muista diagnooseista ja se ei myöskään poissulje mitään muuta kliinisesti merkittävää diagnoosia.