Biverkningar av ciklosporinbehandling är vanligtvis milda och kräver inte att behandlingen avbryts. Mindre darrningar av händerna, ökad hårväxt eller lindrig svullnad av tandköttet förekommer ibland under behandlingen. Illamående, trötthet, domningar eller stickningar i händer och fötter kan förekomma. Läkemedlet kan påverka njurfunktionen och höja blodtrycket, så dessa värden övervakas noga under behandlingen. I vissa fall kan förhöjt blodtryck behöva behandlas med blodtryckssänkande läkemedel. Genom att hålla munnen och tänderna särskilt rena kan du minska biverkningarna på tandköttet. Var noga med att nämna användningen av ciklosporin när du besöker tandläkaren. Under behandlingen av en inflammatorisk sjukdom med feber är det tillrådligt att ta några dagars uppehåll från medicineringen. 
Vissa läkemedel kan påverka effekten eller biverkningarna av ciklosporin, så den läkare som behandlar dig bör vara medveten om all samtidig medicinering. Nedan följer en lista över läkemedel som har kända interaktioner med ciklosporin. Ta med dig denna anvisning när du besöker din läkare 
Läkemedel som kan öka risken för biverkningar och vars långvariga användning med ciklosporin bör undvikas: 
Läkemedel som kan öka halten av ciklosporin i blodet: 
Antimikrobiella medel: metronidazol, ketokonazol, itrakonazol, flukonazol, makrolidföreningar (erytromycin, josamycin), doxycyklin 
Läkemedel mot magsår: H2-receptorblockerare (ranitidin) 
Blodtrycksmedel: diltiazem, verapamil, nikardipin 
Övriga: metoklopramid 
Läkemedel som kan minska halten av ciklosporin i blodet: 
Antibiotika: rifampicin, nafcillin, isoniazid, sulfadimidin 
Epilepsiläkemedel: barbiturater, karbamazepin, fenytoin 
Övriga: oktreotid (Sandostatin®) 
Läkemedel som kan försämra njurfunktionen: 
Antibiotika: ciprofloxacin, trimetoprim 
Antiinflammatoriska läkemedel 
Läkemedel som inte får tas samtidigt med ciklosporin: 
Antibiotika: aminoglykosider, amfotericin B 
Statiner: rosuvastatin 
Läkemedel som måste användas med försiktighet: 
Digoxin: Ciklosporin kan öka halten av digoxin i blodet 
Statiner: (lovastatin, simvastatin, atorvastatin): Ciklosporin kan öka muskelbiverkningarna som orsakas av dessa.