SLE:s sjukdomsbild har under de senaste årtiondena lindrats och prognosen har förbättrats. Ökad kunskap om sjukdomen och bättre diagnostik ligger bakom denna positiva utveckling. Sjukdomen kan idag konstateras lättare, tidigare och i ett lindrigare skede. Prognosen för SLE förbättras av den effektiviserade behandlingen av sjukdomen, dess komplikationer och associerade sjukdomar. För närvarande är tioårsprognosen för SLE nästan densamma som för referenspopulationen. En svår sjukdom är dock förenad med för tidig dödlighet.
Efter flera år eller decennier kan SLE också gå i remission och patienten kan bli symtomfri, vilket innebär att medicineringen kan avslutas. Remission är ett tecken på en god prognos och är möjlig även efter en allvarlig sjukdom. Det bör dock noteras att sjukdomen kan aktiveras även under en lång remissionsfas (även om det är sällsynt).