Medicinering med hydroxiklorokin är mycket sällan förknippad med farliga biverkningar, och därför behöver patienter inte gå på regelbundna blodprovskontroller. De vanligaste biverkningarna är lätt illamående, besvär i övre delen av buken och hudutslag. Biverkningarna upphör när medicineringen sätts ut. Vissa patienter har också beskrivit mer humörsvängningar än vanligt. Vissa patienter får biverkningar på centrala nervsystemet, varav mardrömmar är de vanligaste. Känslighet för solljus kan förekomma under medicineringen. Ibland kan hudsymtomen lindras genom 1(–2) månaders uppehåll under de soliga månaderna om den reumatiska sjukdomen befinner sig i en lugn fas. På grund av soleksem bör patienterna skydda sig mot solen genom att vistas i skuggan och bära skyddande kläder (solarium rekommenderas inte). Obs: Hos personer med psoriasis kan medicineringen ha lett till att utslagen förvärrats.