Sivuvaikutusten esiintyvyys ja vaikeusaste ovat yksilöllisiä. Päivittäistä isotretinoiiniannosta voidaan tarvittaessa pienentää ihotautilääkärin ohjeistuksella.
Yksi vakavammista sivuvaikutuksista on se, että isotretinoiini vaurioittaa sikiötä. Tämän takia kaikilla hedelmällisessä iässä olevilla naisilla on oltava tehokas raskaudenehkäisy käytössä vähintään 1 kuukauden ajan ennen isotretinoiinihoidon aloitusta, koko isotretinoiinihoidon ajan, ja vielä 5 viikkoa isotretinoiinihoidon päättymisen jälkeen.
Maksa- ja rasva-arvot tutkitaan ennen hoidon alkua, ensimmäisen hoitokuukauden jälkeen sekä hoidon aikana säännöllisesti vähintään kolmen kuukauden välein, ellei tiheämpään seurantaan ole aihetta.