Antibiootteja tarvitaan atooppisen ihottuman hoidossa vain harvoin. Yleensä atooppisen ihottuman tulehdus rauhoittuu riittävällä lääkevoiteiden käytöllä. Antibioottikuuria tarvitaan vain, mikäli ihottumassa on voimakas bakteeritulehdus. Kuurin tarpeen arvioi aina lääkäri. Mikäli lääkäri päätyy aloittamaan antibioottikuurin, tulee sen aikana käyttää tavanomaista paikallishoitoa, yleensä lääkevoiteita.
Mikäli atooppisen ihottuman pahenemisvaiheeseen liittyy voimakas ihon märkiminen, rupeutuminen, kuume ja yleinen sairauden tunne, saattaa antibioottikuuri olla tarpeen. Tuolloin on syytä hakeutua lääkäriin.
Joihinkin kortisonivoiteisiin on yhdistetty antibioottia, mutta näille voiteille on harvoin tarvetta atooppisessa ihottumassa, koska yleensä jo pelkkä voiteen sisältämä kortisoni riittää rauhoittamaan ihottuman.