Långvarig användning av invärtes använda kortikosteroider kan orsaka betydande biverkningar och man rekommenderar inte att dessa används vid behandlingen av atopiskt eksem. De har en snabb effekt vid behandlingen av eksemet, men effekten är tillfällig och när kuren är avslutad återkommer eksemet ofta likadant som tidigare. Om det atopiska eksemet är mycket svårbehandlat kan man ibland även enligt läkarens övervägande använda en invärtes kortisonkur. I detta fall är det dock viktigt att även genomföra lokalbehandlingen omsorgsfullt för att eksemet inte ska förvärras genast när kuren är avslutad.
Om det atopiska eksemet inte fås under kontroll med hjälp av korrekt användning av läkemedelssalvor och ljusbehandling, kan man överväga att använda immunosuppressiva läkemedel som tas via munnen. Dessa läkemedel lamslår funktionen i kroppens immunförsvar, varvid även infektionen i det atopiska eksemet lugnas. Samtidigt exponerar de dock till exempel för infektioner. Eftersom dessa läkemedel också kan ha andra allvarliga biverkningar används de endast vid behandlingen av svårt atopiskt eksem som inte reagerar på andra behandlingar.
I Finland används oftast ciklosporin, azathioprin och metotrexat. Dessa läkemedel passar inte alla och kräver en omsorgsfull inledande utredning och regelbunden uppföljning med blodprov. Läkemedlen är vanligtvis inte avsedda för långvarigt bruk.
Vad gäller oetablerade och alternativa vårdformer, såsom kinesiska örtpreparat, homeopati, vitaminer, selen och zink finns endast bristfällig vetenskaplig evidens eller de har inte konstaterats ha någon effekt. Nödvändiga fettsyror har inte konstaterats ha någon effekt vid behandlingen av atopiskt eksem.