Perianaalipaiseet avataan ja tyhjennetään kirurgisesti. Lisäksi paiseiden ja fisteleiden hoidossa saatetaan käyttää antibiootteja tulehduksen rauhoittamiseksi.
Lantion magneettikuvaus (MRI) on usein tarpeellinen ennen hoitoa, kun selvitetään perianaalisen Crohnin taudin oireita ja taudin laajuutta.
Pakaran iholle avautuviin fisteleihin asetetaan usein niin sanottuja Seton-lankoja. Nämä langat kulkevat fistelikäytävän läpi ja pitävät sen avoinna, mikä mahdollistaa märkäkertymien valumisen ulos. Tämä auttaa rauhoittamaan akuutteja tilanteita ja estää uusien paiseiden muodostumisen. Kun tulehdustilanne on saatu hallintaan, fistelien hoitoa voidaan jatkaa tarvittaessa tavanomaisin kirurgisin keinoin.
Jos peräsuolen Crohnin tauti on fisteleiden lisäksi muutoinkin vaikea, voidaan joutua poistamaan koko peräsuoli ja tekemään pysyvä avanne. Myös väliaikainen avanne voi tulla kyseeseen tulehduksen rauhoittamiseksi.
Seton-langat eivät kuitenkaan riitä yksinään fisteleiden hoidoksi, vaan niiden lisäksi tarvitaan usein myös lääkehoitoa.