Ohutsuolta pyritään säästämään, koska se on tärkeä tekijä ravintoaineiden imeytymisessä. Leikkauksessa suolta typistetään ahtautuneesta kohdasta. Lyhyet ahtaumat voidaan hoitaa strikturoplastialla, jossa suolen ahtaaseen kohtaan tehdään pitkittäisviilto, joka ommellaan kiinni poikittain. Näin suoleen tulee ikään kuin pieni pussi. Jos ohutsuolta on poistettu runsaasti erityisesti sen loppupäästä, voi seurata rasvojen, sappihappojen ja B12-vitamiinin imeytymishäiriöitä.
Jos tauti on paksusuolen alkuosassa, se osa poistetaan. Mikäli tautia on laajemmalla alueella, voi tulla kyseeseen koko paksusuolen poisto tai paksu- ja peräsuolen poisto. Tällöin tehdään pysyvä ohutsuoliavanne. Joskus tulehduksen rauhoittamiseksi tai päivystysleikkauksen yhteydessä tehty avanne voi olla väliaikainen. Crohnin tautia sairastaville potilaille ei tehdä J-pussia, koska noin puolet pusseista joudutaan poistamaan myöhemmin.
Suolileikkauksen jälkeen puolen vuoden kuluessa kannattaa tehdä tähystys saumatilanteen tarkistamiseksi, koska taudilla on taipumus uusiutua juuri saumakohdissa.
Fisteleitä voi syntyä suolesta vatsan tai pakaran iholle, suolen toiseen kohtaan tai johonkin sisäelimeen. Fistelin kirurginen hoito riippuu aina sen sijainnista ja koosta. Paise eli absessi syntyy yleensä fistelin yhteyteen, ja se tyhjennetään tai poistetaan kirurgisesti.