Crohnin tautiin liittyvissä leikkauksissa pyritään aina mahdollisimman suolta säästävään hoitoon. Tauti esiintyy yleisimmin sykkyräsuolen loppuosassa (terminaalinen ileum) ja paksusuolen alkuosassa (caecum). Näistä potilaista jopa 80 % tarvitsee lopulta leikkaushoitoa.
Tyypillisin Crohnin taudin aiheuttama ongelma on sykkyräsuolen loppuosan ahtauma (striktuura), joka voi aiheuttaa suolitukosoireita. Oireileville potilaille tehdään ileosekaalinen resektio, jossa poistetaan paksusuolen alkuosa ja ohutsuolen loppuosa. Leikkauksessa pyritään poistamaan vain välttämätön osa suolesta, jotta minimoidaan mahdolliset imeytymishäiriöt ja suolen lyhenemisestä aiheutuvat komplikaatiot. Jos ohutsuolta joudutaan poistamaan runsaasti erityisesti sen loppupäästä, voi seurata rasvojen, sappihappojen ja B12-vitamiinin imeytymishäiriöitä.
Mikäli oireinen ahtauma sijaitsee muualla ohutsuolessa niin leikkauksessa ohutsuolta poistetaan ahtautununut kohta ja yhdistetään suolen osat toisiinsa. Lyhyet ohutsuolen ahtaumat voidaan hoitaa strikturoplastialla, jossa ahtautunut alue suolessa laajennetaan ilman, että poistetaan itse suolen osaa. Tämä tehdään avaamalla suolen seinämä ja ompelemalla se poikittain, jolloin aiemmin ahdas kohta suolesta laajentuu. Tällöin suolen läpikulku paranee ja oireet lievittyvät.
Noin kolmasosalla Crohnin tautia sairastavista potilaista tulehdus sijaitsee paksusuolessa. Tyypillisimmin tulehdus esiintyy paksusuolen oikealla puolella, mutta se voi ilmetä missä tahansa paksusuolen alueella. Jos Crohnin tauti rajoittuu paksusuolen oikeaan puoleen, voidaan tehdä oikeanpuoleinen hemikolektomia, jossa poistetaan sairastunut osa paksusuolesta ja yhdistetään suolen päät toisiinsa. Mikäli tulehdus on levinnyt laajemmin paksusuoleen, voidaan tehdä subtotaalinen kolektomia, jossa suurin osa paksusuolesta poistetaan. Ohutsuoli voidaan tällöin yhdistää joko sigmasuoleen (ileosigmoidaalinen anastomoosi) tai peräsuoleen (ileorektaalinen anastomoosi), edellyttäen, ettei peräsuolen alueella ole vaikeaa tulehdusta. Jos peräsuoli on voimakkaasti tulehtunut, anaalikanava on ahtautunut tai potilaalla on perianaalifisteleitä, peräsuoli ja peräaukko voidaan joutua poistamaan kokonaan. Tällöin potilaalle tehdään pysyvä pääteavanne (ileostooma). Crohnin tauti voi myös johtaa äkillisiin komplikaatioihin, jotka vaativat päivystysleikkausta.
Fistuloivassa Crohnin taudissa, jossa käytäviä (fisteleitä) muodostuu esimerkiksi ohutsuolesta paksusuoleen, virtsarakkoon tai emättimeen, leikkauksessa poistetaan sekä tulehtunut suolenosa että fistelikanava.
Suolileikkauksen jälkeen suositellaan tähystystä noin puolen vuoden kuluessa leikkauksesta, jotta voidaan arvioida sauman tilanne ja havaita mahdolliset taudin uusiutumisen merkit varhaisessa vaiheessa. Crohnin tauti uusiutuu herkästi juuri leikkaussaumassa, ja varhainen seuranta mahdollistaa tarvittaessa hoidon aloittamisen ennen kuin oireet pahenevat.