Mikroskooppiset koliitit voivat aiheuttaa hyvin samankaltaisen oirekuvan kuin ripulipainotteinen ärtyvän suolen oireyhtymä. Vesiripuli voi kuitenkin toisinaan olla niin ankaraa, että se johtaa merkittävään painon putoamiseen ja kuivumaan. Muina oireina voi esiintyä vatsakipuja, vatsan turvottelua ja ilmavaivoja. Taudin kulku on tyypillisesti vaihteleva. Oireettomia jaksoja saattavat seurata pahenemisvaiheet.
Mikroskooppista koliittia sairastavilla on usein myös muita autoimmuunisairauksia, kuten keliakiaa.
Tähystyksessä paksusuolen limakalvo vaikuttaa yleensä täysin normaalilta. Tähystyksen yhteydessä otettujen koepalojen mikroskooppitutkimuksessa todetaan kuitenkin tyypilliset muutokset. Lymfosyyttikoliitissa limakalvolla todetaan runsaasti tulehdussoluja eli lymfosyyttejä. Kollageenikoliitissa limakalvon alla todetaan paksuuntunut kollageenikerros.
Hoidolla pyritään oireiden lievittämiseen. Yleensä hoito aloitetaan oireenmukaisella ripulilääkityksellä, kuten loperamidilla. Jotkut hyötyvät kuituvalmisteista (esimerkiksi Vi-Siblin, Agiocur). Ripuli saattaa rauhoittua myös sappihappojen imeytymishäiriön hoitoon käytettävällä kolestyramiinilla. Varsinaisten tulehduksellisten suolisairauksien hoitoon tarkoitetuista lääkkeistä salatsosulfapyridiini ja 5-aminosalisyylihappo tehoavat vain noin puolella potilaista.
Kortisonivalmisteet, kuten prednisoloni ja budesonidi, tehoavat yleensä nopeasti, mutta ongelmana on oireiden uusiutuminen kuurin päätyttyä. Pitkäaikaiseen kortisonin käyttöön liittyy runsaasti haittavaikutuksia, joten pitkiä kortisonikuureja yritetään välttää.
Tietyt lääkkeet, kuten tulehduskipulääkkeet ja närästyksen hoitoon käytetyt proteiinipumppuinhibiittorit, saattavat laukaista mikroskooppisen koliitin. Oireet rauhoittuvat, kun lääke lopetetaan.
Mikroskooppisten koliittien lääkitys ei kuulu Kelan erityiskorvattavuuden piiriin.
Mikroskooppisiin koliitteihin ei ole todettu liittyvän lisääntynyttä paksusuolen syöpäriskiä, eikä tauti vaadi tähystysseurantaa.